Najväčšiu časť územia stratil cirkevný štát v roku 1860 pri zjednocovaní Talianska, keď bol zredukovaný na Rím a okolie, a desať rokov potom bol násilne začlenený do Talianskeho kráľovstva. Až podpisom takzvaných lateránskych dohôd 11. februára 1929 vznikol nezávislý štát Vatikán.
Súčasťou týchto zmlúv, ktoré podpísali v Lateránskom paláci v Ríme taliansky ministerský predseda Benito Mussolini a kardinál Pietro Gasparri, bol aj konkordát, ktorý stanovil vládnuce postavenie katolíckej cirkvi v Taliansku, a finančná dohoda, ktorou sa Taliansko zaviazalo zaplatiť svätej stolici miliardu lír v cenných papieroch ako náhradu za územie patriace kedysi k pápežskému štátu a ako odškodné za stav vytvorený v roku 1870.
Predchodca vatikánskeho miništátu, ktorý dnes leží uprostred Ríma, sa začal konštituovať v 4. storočí, keď pápeži získali na území vtedajšej rímskej ríše rozsiahle statky.
V roku 755 panovník franskej ríše Pipin Krátky odovzdal pápežovi Štefanovi II. rímsku oblasť a ravennský exarchát (správny obvod) a v roku 800 Karol Veľký vyhlásil územie za zvláštnu imunitnú oblasť franskej ríše a pápeža za prvého ríšskeho biskupa.
Začiatkom 13. storočia zbavil pápež Inocent III. cirkevný štát podriadenosti Svätej ríši rímskej a vytýčil požiadavku zvrchovanosti nad svetskými panovníkmi.
V 14. storočí bol pápežský štát pod silným vplyvom Francúzska. V rokoch 1309 až 1377 pápeži sídlili v Avignone, od roku 1378 je ale stálou rezidenciou pápežov Vatikán.
V roku 1798 bol cirkevný štát pod vplyvom francúzskej revolúcie na krátku dobu zrušený. Napoleon Bonaparte ho obnovil a vyhlásil za súčasť svojej ríše. Reštaurovaný bol pápežský štát Viedenským kongresom roku 1815.
Príjmy a hierarchia
Dnes tvorí Vatikánsky štát Apoštolský palác (rezidencia pápeža s 1400 miestnosťami) so záhradami a priľahlými budovami, Chrám sv. Petra (najmonumentálnejšia cirkevná stavba kresťanského sveta vystavaná nad hrobom svätého Petra) a Námestie sv. Petra.
Exteritoriálny vatikánsky štatút majú aj ďalšie stavby na území Ríma (štyri baziliky a budova kolégia) a pápežovo letné sídlo v Castel Gandolfo (asi 20 kilometrov od Ríma).
Vatikán je teokratickou monarchiou, na čele ktorej stojí pápež, ktorý je zároveň hlavou rímskokatolíckej cirkvi. Volený je doživotne kolégiom kardinálov (konkláve).
Najvyššími poradnými orgánmi pápeža v cirkevných záležitostiach sú cirkevné koncily, kolégium kardinálov a biskupská synoda.
Praktické riadenie Vatikánu a rímskokatolíckej cirkvi je v právomoci rímskej kúrie zloženej zo štátneho sekretariátu, deviatich posvätných kongregácií na čele s prefektmi (de facto ministri), troch tribunálov, 11 pápežských rád a niekoľkých komisií a výborov.
Na bezpečnosť pápeža dohliada od roku 1506 švajčiarska garda, ktorá má teraz asi 130 mužov a je tak jedným z najmenších oficiálnych vojenských útvarov na svete. Jej príslušníci musia byť slobodní Švajčiari, katolíci vo veku 19 až 30 rokov a vysokí viac ako 1,74 metra. Za verejný poriadok vo Vatikáne je zodpovedná, zhruba rovnako početná, žandárska jednotka.
Vatikánska ekonomika je založená na turistike. Každoročne prichádzajú milióny pútnikov a turistov okrem iného obdivovať vatikánske paláce, múzeá, knižnicu a diela slávnych umelcov, najmä Michelangelovu fresku Posledný súd v Sixtínskej kaplnke.
Zdrojom príjmov Vatikánu sú aj výnosy z odškodnenia z roku 1929 uloženého do akcií, zlata a valút, z prenájmu nehnuteľností, z vydávania poštových známok a mincí, z vlastného vydavateľstva, televízie, stanice Radio Vaticana a katolíckych novín. Viac ako 40 miliónov eur vyberie Vatikán každý rok v kostoloch celého sveta ako „Petrov halier“.