Fabia Greenline potrebuje nový agregát ako soľ. Doterajší motor 1.4 TDI PD (59 kW/195 Nm) je síce pomerne úsporný, no jeho hlučný chod spolu s chuťou vytrhnúť všetky silentbloky, ktoré ho držia na mieste, z neho robia pomerne komplikovaného partnera. Aby bol život s Fabiou Greenline príjemnejší, Škoda začne do verzie Greenline čoskoro (začiatkom septembra 2010) montovať moderný trojvalec 1.2 TDI CR s výkonom 55 kW/4200 min-1 a krútiacim momentom 180 Nm/2000 min-1 známy už z Pola BlueMotion.
V praxi sa nový motor prejaví znížením kombinovanej spotreby zo 4,1 na 3,4 l/100 km a poklesom emisií CO2 na 89 g/km. Fabia Greenline 1.2 TDI CR sa na trhu objaví aj s karosériou Combi.